Berdasarkan alasan-alasan dan dasar hukum dalam mengajukan Permohonan Tata Usaha Negara tersebut diatas, maka dengan hormat kepada Ketua Pengadilan Tata Usaha Negara Semarang berkenan memutus dalam pokok perkara sebagai berikut: 
1.    Mengabulkan gugatan Penggugat untuk seluruhnya;
2.    Menyatakan Tergugat telah merugikan Penggugat dan Tergugat telah melanggar asas-asas umum pemerintahan yang baik;
3.    Mewajibkan Tergugat untuk menandatangani dan menerbitkan Surat Keterangan Persetujuan guna persyaratan penerbitan Sertifikat Layak Fungsi terhadap Bangunan Tempat ibadah Gereja Jemaat Kristen Indonesia Shekinah Glory satelit Wonosobo yang dipimpin oleh Penggugat;
4.    Menghukum Tergugat untuk membayar biaya perkara yang timbul dalam perkara ini.